Tutorial Aplikasi Avogadro

Aplikasi Avogadro

Avogadro adalah software kimia gratis, open source, tersedia dalam berbagai paltform sistem operasi merupakan editor molekul yang dirancang untuk digunakan secara fleksibel dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait lainnya. Avogadro yang tersedia dapat dijalankan pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X. Kode sumber sumber tersedia di bawah GPL GNU. Menurut saya aplikasi ini sangat bagus dengan kelebihan ukuran filenya sangat kecil (tidak lebih dari 10 MB). Tampilan yang bagus dan sudah bisa dihandle oleh perangkat keras kebanyakan sekarang.

Apa yang dapat dilakukan Avogadro?

• Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis)
• Inovatif “auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.
• Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.
• Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.
• Embedded interpreter Python.
• Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.
• Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.
• Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut.
• Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.
• Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python.
• Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul. (http://urip.wordpress.com/2011/06/11/avogadro-software-kimia-gratis-untuk-edit-molekul/ )

Nah sekarang saya akan memberikan informasi tentang cara menggunakan aplikasi avogadro.

Pertama adalah buka aplikasi avogadro, maka akan muncul tampilan seperti dibawah ini.

Anda mungkin tidak memerlukan Phyton terminal, jadi anda bisa menutupnya dengan click tanda close pada layarnya. Lalu anda akan mendapatkan tampilang seperti pada gambar.

Membuka File

Untuk membuka file, pilih menu File dan click Open. Akan muncul tampilan seperti di bawah ini.

Anda kemudian dapat mencari melalui file pada disk Anda dan menemukan file kimia yang sesuai. Berkat penggunaan Avogadro dari OpenBabel sejumlah besar jenis file didukung termasuk CML, xyz, PDB dll. Beberapa molekul contoh diberikan dalam Avogadro. Setelah membuka file akan muncul tampilan seperti di bawah ini.

Screen shot di atas menunjukkan file ethanol.cml yang dibuka dan ditampilkan menggunakan jenis tampilan Ball and Stick. Perhatikan bahwa ketika file baru dibuka Avogadro beralih dari Draw Tool ke Navigate Tool.

Navigasi

Anda dapat memperbesar / menggunakan roda gulir pada mouse atau menekan tombol tengah mouse dan menggerakkan kursor mouse ke atas / bawah. Anda dapat memutar tampilan dengan menekan tombol kiri mouse dan memindahkan kursor mouse. Anda juga dapat menerjemahkan tampilan dengan menekan tombol kanan mouse dan menggerakkan kursor mouse.

Catatan: jika mouse Anda hanya memiliki satu atau dua tombol Anda juga dapat menggunakan tombol pengubah (shift dan kontrol) bersama dengan tombol kiri mouse untuk melakukan tindakan di mana Anda biasanya akan menggunakan tombol tengah mouse atau kanan masing-masing.

Pengolahan Kualitas

Screen shot di atas dibuat dengan mengekspor grafis (File-> Export-> Export Graphics). Gambar pertama (paling atas) menunjukkan adegan setelah navigasi di pengaturan kualitas terendah. Gambar tengah menunjukkan hal itu pada pengaturan kualitas menengah dan gambar akhir (paling bawah) menunjukkan molekul diberikan dengan menggunakan pengaturan kualitas tertinggi.

Kualitas render bisa disesuaikan di menu Setting dengan memilih 'Configure Avogadro ...' slider ini memiliki lima tingkat kualitas. Sebagai kualitas meningkat kualitas global semua render meningkat. Pada dua tingkat kualitas tertinggi sumber cahaya kedua juga digunakan. Semakin tinggi kualitas yang lebih power CPU / GPU akan digunakan untuk membuat adegan.

Ketika Anda membuka Avogadro tanpa memuat file default untuk menggunakan Alat Draw. Alat ini adalah salah satu utama yang akan digunakan saat menggambar molekul baru. Layar ditembak di bawah ini menunjukkan Avogadro 0.8.1 (tanpa terminal Python) pada KDE 4.1. tool dock terletak di bagian atas kiri dari interface dilambangkan dengan ikon pensil.

Anda dapat memilih elemen Anda ingin menggunakan dengan mengklik menu drop down yang mengatakan 'Carbon (6)' di screen shot. elemen umum yang di drop down, jika elemen Anda ingin gunakan tidak ada dalam daftar itu kemudian memilih 'Other ...' akan memunculkan tabel periodik penuh.

Mengklik kiri sekali pada elemen akan memunculkan rincian lebih lanjut dari elemen dalam kotak besar di tengah atas. Mengklik ganda unsur akan memilih elemen dan menutup tabel periodik. Anda juga dapat menyimpan tabel periodik terbuka dan klik pada elemen yang ingin Anda gunakan, klik pada tampilan OpenGL akan menggunakan elemen yang sedang dipilih.

Menggambar

Setelah Anda memilih sebuah elemen Anda dapat klik kiri pada hitam (saat ini kosong) lihat. Ini akan menempatkan satu atom dari elemen yang dipilih di bawah kursor mouse. Jika opsi 'Adjust Hydrogens' dicentang maka jumlah yang tepat dari hidrogen akan ditambahkan ke molekul untuk valensi normal. Menghapus cek dari kotak akan menghentikan ini dari yang dilakukan.

Menghapus

Jika Anda membuat kesalahan atau ingin menghapus atom tertentu maka mengklik kanan pada atom (atau ikatan) untuk menghapusnya. Perhatikan jika 'Adjust Hydrogen' dicentang maka Anda tidak dapat menghapus hidrogen ditambahkan sebagai fungsi mengatur hidrogen menyesuaikan jumlah hidrogen secara otomatis dan menambah kembali hidrogen dihapus.

Membuat Molekul

Untuk benar-benar membangun sebuah molekul lengkap Anda mungkin akan ingin menggambar sesuatu yang lebih kompleks. Mengklik kiri sebuah atom yang ada, menahan tombol mouse dan menyeret ke lokasi lain akan menciptakan ikatan antara atom yang ada dan yang baru. Orde ikatan dapat dipilih dalam 'Bond Order' drop down. Atau klik pada ikatan akan menyesuaikan ikatan mereka (tunggal, ganda, tiga).Jika Anda perlu mengubah atom yang ada sehingga unsur lain cukup pilih elemen yang diinginkan dan klik pada atom yang ada. Dengan menyesuaikan hidrogen yang dapat digunakan untuk 'menumbuhkan' molekul dengan mengubah hidrogen. Hal ini mungkin untuk membangun banyak struktur menggunakan alat ini. Avogadro juga memiliki 'Fragment Library' yang memungkinkan Anda untuk menelusuri daftar fragmen molekul, pilih salah satu dan masukkan ke dalam molekul saat ini.

Undo/Redo

Avogadro mensupport untuk undo atau redo seperti pada ms word ata excel.

Menyimpan

Cara menyimpan di aplikasi Avogadro ini sama seperti menyimpan data pada ms word atau excel yaitu File->Save As->pilih folder tempat menyimpan.

Nama:Ni Luh Indra Dewi Senisk

NIM: 1508105004

Jurusan Kimia

Universitas Udayana