TUTORIAL APLIKASI JMOL

JMOL

Pada postingan saya kali ini, saya akan membahas tutorial dari JMOL.

Jmol adalah software visualisasi struktur molekul dalam bentuk tiga dimensi yang ditulis dengan program Java. Fitur yang dimiliki software ini adalah membaca berbagai jenis file input dan output dari program-program kimia kuantum seperti VASP, serta animasi file multi-frame dan modus normal yang dihitung dari program kuantum.

Jmol merupakan aplikasi yang gartis, merupakan penampil strukutur molekul tiga dimensi (molecule viewer) yang dapat digukan secara bebas oleh siapapun yang menekuni bidang kimia dan biokimia. Aplikasi ini merupakan cross-platform, yakni dapat berjalan di sistem operasi Windows, Mac OS X, dan Linux / Unix. Fitur yang dimilikinya di antaranya membaca berbagai jenis file dan output dari program kimia kuantum, dan animasi file multi-frame.

Untuk memulai menggunakan Jmol pertama-tama tentu kita buka aplikasi Jmol, diaman tampilan awal aplikasi ini adalah sebagai berikut :

Pada tulisan kali ini, untuk memudahkan penjelasan tentang jmol, saya akan memberikan contoh dengan membuat model struktur isobutanol.

 Untuk pertama kali klik ikon ‘open the model kit’ pada toolbar. pertama-tama buatlah struktur molekul isobutana yang terdiri dari 4 atom C, 3 rantai induk dan 1 cabang.

Buat gugus OH untuk membuat isobutanol dengan cara klik kanan rantai atom C induk terakhir, gantilah atom C dengan atom O. klik pada atom C tersebut dan tarik hingga muncul aatom H berwarna merah.

Kita juga dapat merubah warna background sesuai dengan warna yang kita sukai dengan cara klik pada ikon Rotate Molecule, klik kanan pada background, klik color, kemudian klik background dan pilih warna yang anda inginkan.

Selain itu dengan aplikasi Jmol kita juga dapat melihat molekul yang kita buat dengan tampilan tertentu seperti tampilan Dot, tampilan Van Der Waals dan tampilan lainnya dengan cara klik kanan, klik surface dan sesuaikan tampilan dengan yang dikehendaki.

Anda juga dapat memberi nama pada gambar yang dibuat dengan cara klik display-label dan pilih Name untuk menamai unsur tersebut. selain itu kita juga dapat menamainya dengan nomer. Pada aplikasi ini juga dapat menghitung jarak antar atom.

Anda juga dapat memutar gambar untuk mendapatkan sudut pengamatan tertentu dengan cara klik kanan pada background lalu klik spin.

Sekian postingan untuk hari ini. Semoga bermanfaat ... :)

TUTORIAL APLIKASI GAMGI

GAMGI (GENERAL ATOMISTIC MODELLING GRAPHIC INTERFACE)

GAMGI adalah sebuah perangkat lunak open source untuk penciptaan dan analisis struktur atom. GAMGI (General Atomistic Modelling Graphic Interface) adalah sebuah program untuk

membangun, melihat, dan menganalisis strucures atom seperti molekul, kristal, gelas, cairan, dll. Nah sekarang yuk kita belajar cara menggunakan aplikasi GAMGI.

Buka aplikasi menu gamgi  maka akan terlihat tampilan di bawah  ini

Jangan khawatir tidak bisa menggunakan apliksai Gamgi, karena di dalam aplikasi ada menu tutorialnya. Untuk memunculkan menu tutorial, klik Help-Tutorial, maka muncul

 

Nah saya mencoba untuk membuat bentuk kristal NaCl. Tutorial yang tampak adalah:

 

Dengan Tutorial tersebut sedikit membantu kita dalam pembuatan struktur NaCl

Untuk membuat cell maka kita harus klik bawah ini. Isi sesuai dengan cell-create-. Maka akan muncul tampilan seperti di tutorial

Sedangkan untuk tampilan “atom-create” muncul tampilan seperti dibawah ini. Untuk mengisi data-data tersebut. Anda harus klik table:

Setelah Anda Klik Table maka muncul tampilan seperti di bawah ini. Pilih atom Na

tampilan yang akan muncul adalah seperti di bawah ini

Nah, ikuti langkah yang ada di menu Tutorial ya…

Terima kasih.. Selamat mencoba :)

TUTORIAL APLIKASI CHEMDRAW

CARA PENGGUNAAN CHEMDRAW

 

Chemdraw adalah software kimia dari produk Cabridgesoft.inc.Fungsi Chemdraw diantaranya adalah untuk membuat nama dan struktur senyawa, membuat struktur streokimia dengan benar dari nama kimia, dan mendapatkan nama IUPAC dengan akurat dari struktur. Perkiraan spektra NMR dari struktur suatu senyawa dengan atom langsung dengan korelasi spektral. Selain itu, ChemDraw dilengkapi dengan peringatan jika terjadi kesalahan dalam pembuatan struktur kimia. Peringatan tersebut biasanya berwarna merah dan mengelilingi bagian struktur yang salah.

 

Cara Install Aplikasi ChemDraw
Setelah mendownload aplikasi ChemDraw, maka selanjutnya adalah proses installasi. Langkah-langkah untuk menginstall aplikasi Chemdraw ini adalah sebagai berikut:
1. Ketika proses download telah selesai, cari file cdu1203.dmg (Mac) atau cdu1202.exe (Windows) dan dobel klik pada file untu mulai menginstall
2. Pada jendela CambridgeSoft Software Activation masukan informasi yang dibutuhkan dan klik Activate over Internet.
3. Informasi ini dapat ditemukan di halaman My Downloads yang anda buka sebelumnya.
4. Pada jendela wizard CambridgeSoft ChemDraw Ultra 12.0 klik Next >
5. Pada jendela persetujuan lisensi, pilih I accept the terms in this license agreement, dan klik Next >
6. Pada jendela Select Type, pilih Default setup dan klik Next >
7. Pada Jendela Select Features, klik Next >
8. Pada jendela Select Features, pilih MNova NMR Lite dan klik Next >
9. Pada jendela Ready to Install, klik Install
10. Pada jendela Installation Complete dan klik Finish

Cara Menggunakan Aplikasi Chemdraw
Langkah-langkah penggunaannya adalah sebagai berikut :
1. Tulis nama suatu senyawa pada lembar ChemDraw
2. Pilih structure pada bagian toolbar
3. Pilih name convert to structure

Namun nama senyawa tersebut harus sesuai (IUPAC)

Sedangkan Chem3D dapat digunakan untuk menggambar struktur molekul dalam bentuk 3 Dimensi (3D), menghitung energi minimum, panjang ikatan antar atom.

Struktur-struktur tertentu yang telah umum dapat digambar secara langsung dengan mengklik tool, seperti struktur cincin benzena, siklopentana, sikloheksana dan senyawa siklis yang lain. Tool dalam ChemDraw juga menyajikan gambar struktur untuk asam amino, DNA, dan RNA yang terdapat dalam template, hanya tinggal klik, membawanya ke layar, drag, maka jadilah gambar struktur yang diinginkan.

Demikian tutorial menggunakan aplikasi kimia Chemdraw. Semoga bermanfaat!

Nama : Putu Primantari Vikana Suari

NIM : 1508105015

Jurusan Kimia

Fakultas MIPA

Universitas Udayana

TUTORIAL APLIKASI CHEMTOOL

CARA MENGGUNAKAN APLIKASI CHEMTOOL

Kali ini saya akan berbagi tentang software untuk aplikasi kimia di sistem operasi Liinux, khususnya aplikasi untuk pembelajaran analisa struktur, tatanama, sifat dan kegunaan senyawa alkilalkanoat dan benzena. Adapun aplikasi yang bisa digunakan salah satunya adalah Chemtool. 

Chemtool adalah program untuk menggambar struktur terutama senyawa organik. Chemtool bergantung pada transfig oleh Brian Smith untuk mencetak postscript dan mengekspor file dalam format PicTeX dan EPS. Pendamping program Its, xfig, direkomendasikan untuk meningkatkan output chemtool, dan untuk pembuatan diagram 2D dan skema pada umumnya. Keduanya disertakan dengan kebanyakan distribusi Linux, dan tersedia melalui sejumlah website termasuk http://www.xfig.org. Jika Anda ingin mengimpor gambar chemtool ke program pengolah kata lain selain LaTeX, Anda mungkin akan ingin menambahkan bitmap pratayang kepada mereka, selama tidak ada StarOffice / OpenOffice atau bahwa perangkat lunak dari Redmond tampaknya dapat menampilkan sisipan postscript di layar tanpa mereka. Untuk tujuan ini, baik menggunakan ps2epsi, yang datang dengan ghostscript, atau epstool, bagian dari gsview dianjurkan. Sejak chemtool-1.6, opsi ini didukung langsung (melalui fungsi setara ditawarkan oleh versi terbaru dari transfig).adalah sebuah program kecil untuk menggambar struktur kimia pada sistem Linux dan Unix menggunakan toolkit GTK bawah X11.Chemtool mudah digunakan untuk menggambar selain terdapat tools untuk menghitung massa molekular. Instalasi chemtool sangat mudah karena beberapa distro besar memasukkan chemtool ke dalam repository mereka. Bahkan instalasi dari source codenya pun juga mudah. Nah sekarang ayo kita belajar cara menggunakan aplikasi chemtool. Pertama ketika Anda membuka aplikasi chemtool maka muncul tampilan seperti di bawah ini: 

Untuk memulainya klik menu tools-tempaltes maka akan muncul tampilan seperti dibawah ini. Tampilan templates-carboncycles.pilih struktur yang Anda kehendaki

Untuk templates sugars maka muncul pilihan di bawah ini. Pilih struktur yang Anda inginkan

Untuk templates heterocycles maka muncul pilihan di bawah ini. Pilih struktur yang Anda inginkan.

Untuk templates amino acids maka muncul pilihan di bawah ini. Pilih struktur yang Anda inginkan.

Untuk templates symbols maka muncul pilihan di bawah ini. Pilih struktur yang Anda inginkan.

Cara memilihnya mudah sekali, misal saya menginginkan struktur glukosa, maka hanya mengeklik strultur glucose yang ada di tempaltes sugars dan hasilnya adalah:

Selain struktur yang sudah disediakan tadi. Anda juga bisa mengambar sendiri strukur yang Anda kehendaki. Semisal ingin membuat sikloheksana, maka caranya adalah klik

Kemudian untuk memberi namanya adalah klik

Sekian tutorial dari Chem Tool. Semoga bermanfaat ... :)

Nama : Ni Putu Ayu Krismayanti

NIM : 1508105024

Jurusan Kimia

Fakultas MIPA

Universitas Udayana